Salah satu bentuk dzikir yang paling sering dilakukan adalah doa. Orang yang tidak ingat kepada Allah tidak mungkin memanjatkan doa-doa kepada-Nya. Orang yang enggan berdoa kepada Allah berarti orang yang sombong dan Allah tidak suka dengan orang-orang seperti ini.
Saat berdoa, seorang hamba harus menjalankan dengan ikhlas, yakin, husnuzhzhan (berbaik sangka) kepada Allah dan berdoa dengan doa-doa yang ma’tsurat (ada tuntunan dan contoh dari Rasulullah).
M. Khalilurrahman Al Mahfani menjabarkan pedoman berdzikir dan doa-doa ma’tsurat itu dalam buku Keutamaan Doa & Dzikir untuk Hidup Bahagia Sejahtera yang diterbitkan oleh WahyuMedia. Dalam buku tersebut, Khalilurrahman juga menyajikan berbagai macam doa dan dzikir ketika kita memperoleh kesenangan, kesusahan, bepergian, dan bahkan saat terjadi fenomena alam.